سلام
اگه فقط دسترسی SSH دارید می تونید با نرم افزار WinSCP از طریق پرتکل SCP با مشخصات یوزر root سرور خودتون متصل بشید و براحتی از کامپیوتر خودتون فایل آپلود کنید.
یا اینکه می تونید یه FTP Server مثل ProFTPD روی سرور نصب کنید و در کامپیوتر خودتون با نرم افزار های FTP Client مثل FileZilla به سرور متصل بشید و فایل هاتون رو آپلود کنید.
لینک دانلود نرم افزار WinSCP:
https://winscp.net/eng/download.php
یا آموزش نصب ProFTPD در دبیان:
https://www.howtoforge.com/tutorial/...an-and-ubuntu/
البته اگر یک کنترل پنل مثل سی پنل یا دایرکت ادمین نصب کنید نیازی به نصب دستی FTP Server نیست و خودکار همراه کنترل پنل نصب میشه.