اگر سیستم عامل شما لینوکس و البته مک هست که با دستورات ساده ای در ترمینال این کار امکان پذیر است مثلا:
کد:
find . -type d -empty -delete
بر اساس توزیع مورد استفاده دیگه میتویند سفارشی سازی کنید دستور را.
سیستم عامل شما ویندوز هم باز سر خود یک ابزار خوب برای این کار دارد از ویندوز 8 به بالا که می تونید از cmd اجراش کنید، با نام DelEmpty.exe گوگلش کنید راهنماش موجود هست فراوان.
برای هر دو سیستم نیز نرم افزارهای مستقل نیز هست مثل اون که دوستان گفتند. مثلا برای مک هم:
http://www.tempel.org/FindEmptyFolders