سلام،

بله همونطور که فرمودید می تونید با استفاده از اسکریپت PHP از اکانت ها بکاپ بگیرید و از طریق FTP به سرور مورد نظرتون منتقل کنید. راهنمای کامل ایجاد بکاپ از طریق فایل PHP در این لینک موجود هست.
http://hisupport.net/clients/knowled...article&id=188

شما در پنل نمایندگی می تونید این فایل رو با توجه به اطلاعات هر اکانت درون شاخه اصلی اونها قرار بدید و مطابق با راهنما عمل کنید. در این صورت از همه اکانت ها بکاپ تهیه و منتقل میشه.

راه های خیلی آسونتری هم وجود داره که حتما لازمه دسترسی به SSH یا WHM سطح روت داشته باشید.