والا این فایلی که ضمیمه کردید چیز مشکوکی نداره که سرور بخواد حذفش کنه.
احتمال های زیادی وجود داره ممکنه به دلیل Null شده بودن قالب دچار حفره های امنیتی مثل Backdoor باشه.
یا ممکنه اصلاً اسکریپتی چیزی خودش اشتباهی با تابع unset این فایل رو حذف میکنه که البته بعیده.
به نظرم می تونید یه مانیتورینگی روی این فایل انجام بدید ببینید مثلاً آیا تاریخ Date Modified تغییری میکنه یا نه یا اگه بتونید بفهمید که طی 24 ساعت دقیق چه موقعی این فایل حذف میشه خیلی خوبه.