معمولا استفاده از iconv در php برای تغییر انکودینگ «فایل» پیشنهاد نمیشه.
برای فایلها بهتر است از ترمینال دستور رو وارد کنید. فقط لازم هست نوع انکودینگ فعلی درست وارد شود.
اگر تعداد فایلها کم هست هم میتونید با notepad++ یا sublime text 2 انکودینگها رو تغییر بدید و ذخیره کنید. و برای فایلها زیاد شاید بشود چیزی مثل ماکرو طراحی کرد که خودکار انجام دهد.