یه راهی که پاک کردن صورت مسئله است اینه که سطح دسترسی این فایل رو روی 404 یا 444 بذارید اگر تو کدی که باعث این تغییر میشه از تابع chmod برای تغییر سطح دسترسی استفاده نشده باشه دیگه تغییری انجام نمیشه ولی خب اینطوری دیگه خود وردپرس و سایر افزونه ها هم نمی تونن تغییری بدن.
در کل بهتره قالب و افزونه های خودتون رو بررسی کنید.
همچنین 100 درصد پیشنهاد میشه که افزونه های غیر ضروری رو علاوه بر غیرفعال کردن به کل از هاست حذف کنید چون حتی در حالت غیرفعال هم به خاطر اینکه فایل های افزونه در پوشه public_html هستن می تونن موجب گشایش حفره های امنیتی از طریق URL بشن.