سلام
دوست خوبم، بغیر از WHMCS مشکلی در ارتباط با دیتابیس توسط اسکریپت های دیگر وجود ندارد؟
خودتون میتونید یک کوئری ساده با PHP بگیرید ببینید مشکلی در تنظیمات و کانفیگ سرور وجود داره یا خیر؟
شاید خوشآیندتون نباشه ولی مطمئنید همه پارامتر های اتصال به دیتابیس رو درست وارد میکنید؟ Hostname,DB,USER,PASS?