سلام.
از کامپوننت SEF به هیچ عنوان استفاده نفرمایید.
کافی است seo را از تنظیمات کلی فعال نمایید تا ساختار لینک ها اصلاح شود.
در کل علاوه بر موارد امنیتی برای خود سئو هم نیاز به کامپوننت SEF و پلاگین های سئو نیست و جوملا به صورت پیشفرض بهترین سئو را دارد.

موفق باشید