اگر وقت دارید، بصورت دستی یکی از سایت هایی که مشکل دارند رو انتقال بدید.
یعنی پوشه مربوط به public html رو جدا آپلود کنید بر روی سرور جدید + از دیتابیش ها بک آپ بگیرید و دستی ایمپورت کنید.
اگر مشکل به این صورت هم حل نشد باید دقیقتر بررسی شود.
با احترام









پاسخ با نقل قول