سلام
تا اون جایی که من می دونم یا باید آپاچی هم در کنار NginX داشته باشید که Rule های مورد نیاز اجرا بشن یا Rule ها رو تبدیل به قواعد NginX کنید و یا اصلاً در تنظیمات جوملا این ویژگی لینک های سفارشی شده رو غیرفعال کنید و از لینک های پیش فرضش استفاده کنید.