با دستور locate یا find میتونید فایلها رو پیدا کنید. (بسته به توزیع و نسخه ممکن هست محل فایلها متفاوت باشد).
برای پیدا کردن php.ini بنویسید php -i | grep php.ini
برای my.cnf احتمالا در یکی از مسیرهای «etc، etc/mysql، /usr/etc» باشد. (بهترین راه پیدا کردن با locate یا find است، اگر در توزیع موجود باشد).