نه ببینید خب بعضی کد ها که باید مربوط به پوشه ای خاص باشه رو معمولاً تو سایت ها بر اساس آدرس اون پوشه که نمیذارن و فقط دستورات مربوطه رو میذارن، مثلاً کد محدود سازی ip رو که در سایت ها پیدا کنید معمولاً طوریه که اگه در ریشه بذارید کلاً سایت محدود به ip میشه که درست نیست برای همین در این جور مواقع ساده ترین راه قرار دادن اون کد های خاص در پوشه های خاص مربوطه خودشون هست ولی سایر کد ها که می دونید باید در کل سایت اعمال بشه بهتره در همون ریشه باشه.