سلام
ریشه همون روت دایرکتوری هست، مشکلی برای ویرایش فایل htaccess به وجود نمیاد.فقط بعضی از دستورات در این فایل باعث غیر فعال کردن کل سایت می شه که این امر مربوط به غیر فعال بودن بعضی توابع در فایل httpd.conf سرور هست.
به عنوان مثال کد زير، مخاطب را در صورت مواجه شدن با خطاي 404، به صفحه notfound.html ارجاع ميدهد:
ErrorDocument 404 /notfound.html