سلام
در فایل configuration.php که اطلاعات دیتابیس توشه خط زیر رو اضافه کنید و محل دقیق پوشه whmcs رو تعیین کنید:

کد:
$whmcspath = '/home/username/public_html/whmcs/';
منبع: http://docs.whmcs.com/Further_Security_Steps