اگر ClamAV جواب نداد میتونید کد رو دانلود کنید و با آنتی ویروسی مثل Kaspersky Internet Security اسکن کنید
یکی از پروژه هام شدیدا آلوده شده بود و تعداد فایلها هم خیلی بود، دانلود کردم کاسپراسکای همش رو پاک کرد. البته ویروسی بود که خودش رو ته فایلها اضافه میکرد
فایلهای js آلوده شده بود
برای فایلهای PHP یه trick استفاده کرده بودم که در صورتی که خودش رو هم کپی کنه احتمال اجراش کمه اما حب برخی هم آلوده شده بود