با سلام
معمولاً این مشکلات بر روی سیستم مدیریت محتوای وردپرس و جوملا صورت میگیرد !
آپلود فایل هایی با کد های نامرتب و تعداد فایل های زیاد با پسوند html که ربات گوگل بعد از بررسی آن ها را به صورت Malware شناسایی میکند.
پیشنهاد میکنیم این مورد را از طریق گوگل وبمستر پیگیری کنید.
موفق و پیروز باشید.