سلام
1- بگردید ببینید فایل هایی با نام های عجیب روی هاست وجود دارد یا خیر.
2- اگر از اسکریپت های آماده استفاده می کنید ، نسخه اصلی اون اسکریپت را دانلود کنید و فایل هایش را با فایل های روی سرور مطابقت بدید ببینید کدام فایل تغییر کرده یا چه فایل اضافی درون هاست آپلود شده.
3- از آنتی ویروس ClamAV و آنتی شل cxs استفاده کنید.