سلام
اینکه فایلها رو در کنترل پنل هاست نمیبینید احتمالا این User دسترسی نداره که راحتترین راه آپلود با استفاده از همان یوزر هست و راه دیگر آن هم تغییر Owner فایلها هست
chown -R username:username filename
* بجای filename نام فایل مربوطه و در صورتی که تمام فایل ها را میخواهید تغییر دهید * استفاده کنید
* Username هم نام کاربری سایت مربوطه در cPanel جایگزین شود
اگر vBulletin نسخه 5 استفاده میکنید باید پی اچ پی را آپدیت کنید و cURL ،OpenSSL را هنگام آپدیت پی اچ پی فعال کنید(البته این ربطی به عدم نمایش فایلها ندارد و این مسئله مشکل دیگری هست که احتمالا در زمان نصب با آن مواجه میشوید)