غیر از کرنل بقیه چیزا رو خود سی پنل آپدیت میکنه و کافیه فقط Update Preferences در whm رو فعال کرده باشید
برای آپگرید کرنل هم اگر سرور اختصاصی هست از دستور yum upgrade kernel و سپس reboot استفاده کنید
و برای وی پی اس هم باید مطابق با ورژن لینوکس تون کرنل رو آپگرید کنید که برای 32 بیتی ها فعلا لازم نیست ولی 64 بیتی ها حتما با احتیاط کامل باید آپگرید بشند.