سلام
دو حالت داره:
1.یا اینکه نسخه PHP نصب شده در سرور شما بسته به هندلر موجود آدرس php.ini قابل اجرای اون با آدرس پیش فرض php.ini که شما ویرایش کردید متفاوت باشه که مثلاً اگه هندلر php-fpm نصب کرده باشید که حتماً جدا هست و آدرسش مثلاً اینطوریه: /usr/local/php56/lib/php.ini که با دستور php -i | grep php.ini می تونید نسخه php.ini که درحال اجراست رو پیدا کنید.دقت کنید پس از تغییر سرویس آپاچی و هندلر php رو Restart کنید.
2.احتمالاً در خود اسکریپت کلیجا هم جایی به صورت کد php مثلاً با تابع ini_set میزان آپلود مشخص شده ببینید در تنظیمات یا فایل های کلیجا چیزی پیدا میکنید.