سلام
اصلاً نه نیاز به نصب دستی هست نه نیاز به پلاگین.
در نسخه های جدید دایرکت ادمین این ویژگی به صورت ذاتی وجود داره.

طبق این آموزش https://www.directadmin.com/features.php?id=1828 باید گزینه letsencrypt در فایل directadmin.conf برابر با 1 کنید.
بعدش به بخش SSL دامنه دلخواه تون برید و فعالش کنید.

فقط دقت کنید آی پی اون دامنه حتماً باید با آی پی اصلی سرور متفاوت و اختصاصی باشه.