سلام

لطفا بگید چند ورژن WHMCS چند هست و حجم فعلی دیتابیس چند مگابایت هست ؟

این چند مورد رو بررسی کنید :

1) مقدار پیش فرض max_allowed_packet در SQL تنظیم شده بروی 16 مگ ، لطفا مقدارش رو افزایش بدید ( حدود 160 تا 200 مگ بزارید تست بگیرید )

2) قالب سفارش و قالب ناحیه کاربری رو عوض کنید ( احتمال داره تغییراتی روی قالب دادید )

3) بررسی کنید ماژول مشکل دار نداشته باشید


البته مشکل از مورد اول هست
اطلاعات بیشتر در سایت SQL :
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/gone-away.html