سلام
دایرکتری public_html حذف کنید(محتویات سایتتان را در /var/www/html قرار دهید)
برای تنظیم دامین باید dns server نصب کنید که معروف ترین ان برای لینوکس bind هست که به وسیله اون باید zone تعریف کنید و ...
یک روش ساده تر هم اینکه از سرویس هایی مثل cloudflare,cloudns ,... استفاده کنید و سپس main ip برای دامین را رکورد A ای پی سرور قرار دهید(االبته در این روش امکان مدیریت کامل دامین در سرور ندارید.)
موفق باشید