در حالتی که شما فرمودین 1فایل index.html قرار دادید و همین فایل هم دستکاری شده 100% مشکل شما مشخص شده.
سرور هاستینگ سایتتون رو مس دیفیس زدن
اگه سایت مهم هست یک VPS بگیرید و کانفیگ و تامین امنیت اولیه رو به یک فرد کاردان بسپرید، سپس در طول ماه خودتون هم مونیتور و تا حد امکان منیج کنید
در این حالت چون روی share هاست نیست دیگه،
مشکل باگ داشتن سایتهای دیگه روی سرور هم دامن شما رو نخواهد گرفت
معمولا سپردن امنیت به برخی افراد در ایران درست نیست چون بر اثر مراودات و خیلی مسائل دیگه ممکنه همون فرد به شما ضرری برسونه
سایتهای خارجی بدون شناخت از شما، رقیبان و سایتتون این کار رو به نحو احسن انجام میدن