به نظر من هم مشکل DNS داشته باشین چون اگه دی ان اس مشکل داشته باشه این حالتی که شما میگین یک سری وب سایت باز میشه و یک سری دیگه باز نمیشه پیش میاد. توجه کننین که تو پانل ثبت کننده دامینتون از A Record برای انتقال به Ip سرور استفاده کردین یا دو تا NameServer رجیستر کردین با آیپی های VPS مورد نظر؟
اگه حالت اول هستش که همه رکوردها رو دیلت کنین و به جاش دو تا نیم سرور رجیستر کنین و بعد از اون NameServer های هر دامنه رو روی این دو تا NS جدید ست کنین مثلاً : ns1.server1.com , ns2.server2.com
بعد از این کار رکوردهای مربوط به نیم سرور در قسمت مدیریت DNS در Kloxo وارد کنین و 24 ساعت تا propagate یا اتصال nameserver ها و وب سایتها به سرورتون صبر کنین و بعد تست کنین.
حالت دوم هم اگه مشکل از Ip Blocking هست توی Kloxo یه قسمت هست که ip های ٌاWhiteLis رو می تونین بهش ادد کنین که هیچ وقت بلوک نشن(ip خودتون) و همچنین تو قسمت Blacklist می تونین آیپی های بلوک شده رو حذف کنین و تنظیمات مربوط به تعداد دفعات خطا برای بلوک شدن Ip رو تنظیم کنید.
موفق باشید.