این کاری که شما می خوای بکنی فقط برای فولدرهای مشخصی باید بکنی و نمیشه روی کل سرور اعمال کرد. چون فایل های php مثل index.php باید در کل اجرا بشن. پس باید فایل مورد نظر رو فقط داخل پوشه های مورد نظر ایجاد کنید. که دسترسی بازدید کننده به فایل php یا هر پسوند دیگری که می خواهید را داخل آن پوشه ببندید.
اما نکته مهم اینه که جوملا بیشتر از طریق پلاگین ها هک میشه و فولدر images آن خیلی هم خطرناک نیست! شاید گذاشتن این فایل داخل پوشه plugins هم خوب باشه به شرطی که باعث ایجاد خطا نشه.
پرمیشن های فایل htaccess هم می توانید مثلا 400 کنید که امن تر بشه.