میدونم تاریخ تاپیک قدیمیه اما توی گوگل میاد بالا و هیچکدوم از راه حل های ارائه داده شده جوابش نیست خودم بعدز 2 روز تونستم دلیلشو پیدا کنم:
شما یکی از دامیناتون درست حذف نشده،
برای همین دیگه نه دامینی بدون خطا پاک میشه و نه add میشه
توی CMD_ADDITIONAL_DOMAINS بگردین ببینید جلوی کدوم اررور داده سعی کنید پاکش کنید.
اگر نشد از قسمت زیر دستی حذفش کنید.

کد:
/usr/local/directadmin/data/users/user***/domains.list
بجای user*** باید یوزرتونو بذارین