comodo waf یک سری رول رایگان برای افزونه mod_security است که از owasp نیز می توان استفاده کرد.

SELinux را غیر فعال کنید و موارد زیر را انجام دهید.

برای امنیت پایه ابتدا مقاله زیر را بصورت کامل مطالعه و موارد را رفع کنید.
http://help.directadmin.com/item.php?id=247

فایروال csf را هم با دقت و نیاز خودتان کانفیگ کنید.

و یک سری موارد تکمیلی مانند کانفیگ امنیتی وب سرور ، mysql ، سیستم عامل و ... که با کمی تحقیق می توانید به منابع آن دسترسی پیدا کنید.