معایب سیستم های اپن سورس و رایگان:
پايه سيستم مديريت محتوا رايگان است اما هزينه هاي پنهان فراواني وجود دارد از جمله توسعه، پشتيباني، نگهداري و به روز رساني
عدم وجود تيم پشتيباني متعهد و داراي قرارداد رسمي
امکانات بسيار کمتر نسبت به سيستم هاي تجاري
کد نرم افزار در دسترس عموم مي باشد و مشکلات امنيتي آن به سرعت در اختيار نفوذگران قرار مي گيرد
در عوض سیستم های مدیریت فروشگاه تجاری:
آزمايش شده و قابل اطمينان تر همراه با امکانات بسيار بيشتر
توليدکننده تمام مسئوليت هاي نصب و راه اندازي اوليه را به عهده مي گيرد
به روز رساني و ارتقاء نرم افزار توسط توليدکننده انجام مي شود
ارائه روش هاي آموزشي مناسب توسط توليدکننده