بستگی داره به کانفیگ سرور و اجازه اجرای توابع مثلا در php بعضی توابع ریسک بالایی دارند و فقط باید رو سروری که یک سایت هست با اسکریپت مطمئن فعال باشند.
شما می تونید توابع و افزونه هایی که مورد استفاده اسکریپت نیستند رو غیرفعال کنید اینطوری تا حد زیادی جلوگیری میشه.
اسکریپت رو هم می تونید تغییراتی بدید و رو بعضی لینکها و فایلهای مهم دسترسی رو با پسورد کنید که به این سادگی امکان نفوذ نداشته باشه حتی با داشتن باگ!
نکته خیلی مهم اینه که سیستم عامل و برنامه های سرور آپدیت باشند چون ممکنه باگ اسکریپت با کمک یه باگ سیستمی دیگه خطرناک باشه.