با سلام
اگر از سرور مجازی مخصوصا سیستم های openVZ و Virtuozzo استفاده می کنید به احتمال خیلی بالا مشکل از سیستم quota بوده و این موضوع بسیار متداول است.
اگر چنین است از پروایدر خود کمک بگیرید.