سلام
اگر سرور شخصی هست باید سرور رو داون کنن، شروع کنن با ls -a کل فولدرهای سایتشون رو بگردن... (شل غیر از فولدر آپاچی جای دیگه اجرا نمیشه، اگر مطمئنن اونجا چیزی نیست و هنوز مشکل دارن، لینوکس بک دور داره...
اگر سرور عمومی (هاست اشتراکی) هست، وظیفه مسئول سرور هست که در کوتاهترین زمان ممکن همین کار رو خودش انجام بده و سرور رو برگردونه...
دلیل تاکید غیر عقلانی! ما مدیران امنیت بر بک آپ گیری دائمی همین هست که اگر یه چنین اتفاقی افتاد بگه به درک که هک کردن (به ....) دو سوت بک آپ رو بر میگردونم، همه چیز درست میشه... کسی که بلد نباشه بک آپ بگیری حقشه که گیر کنه و نتونه سایتشو برگردونه! (ایشالا که مشکل ایشون با همین راهی که گفتم حل میشه)
ضمنا، پاک کردن اسکریپت یا شل یا بک دور یا تروجان یا بمباردیر به تنهایی هیچ خاصیتی نداره، همونطور که یک بار هک کردن، بار بعد هم میکنن... باید با بررسی لاگ فایل ها مشکل رو پیدا کنید (معمولا به یک فرد خبره در امنیت هم نیاز دارید) و سرور رو ایمن کنید تا دوباره به همونجایی که بودید برتون نگردونن (دوباره هک نشید)