باسلام
بهترین عمل پیشگیری هست
غیرفعال کردن توابع خطرناک
اجازه ندادن که کاربر در ایجاد یک php.ini داخلی
مدیریت حالت safemode
استفاده از آنتی شل
استفاده از یک آنتی ویروس به صورت realtime
سکن کل سرور قبل از ایجاد بک آپ هفتگی و....
امنیت رعایت بشه مشکلی پیش نخواهد آمد
موفق باشید