سلام
به نظر من ساده ترین کار اینه که یه دایرکت ادمین رو سرور نصب کنید بعد به جای اینکه دامنه خودتون رو از طریق User Level اکانت admin اضافه کنید برای هر دو سایت اکانت Reseller جداگونه با منابع نامحدود ایجاد کنید.
اینطوری دو تا سایت با دو تا نیم سرور اختصاصی دارید.این کار رو با سی پنل هم میشه انجام داد اما دایرکت ادمین هم ارزون تره هم سبک تره و منابع کمتری از سرور میگیره.