سلام

این موضوع میتواند دلایل متفاوتی داشته باشد که میتوان به موارد زیر اشاره کرد
1. پر شدن هارد
2.ویرایش و اعمال تغییر در متغیر های my.cnf
3.اشباه شدن منابع سرور
4. عملیات سنگین و لاک شدن پایگاه داده با توجه به منابع
و...
در هر صورت شما باید دیتابیس رو مانیتور کنید.

به دیتابیس وارد شید :
mysql -u root -p
دستور زیر رو بزنید :

SHOW PROCESSLIST;
اطلاعات خوبی بهتون داده میشه
موفق باشید