باسلام
خروجی دستور های زیر قرار بدید
free -m
df -h
مشخصات سرورتون چی هست دقیقا؟
سرور مجازی هست یا اختصاصی؟
دستور top بزنید ببینید کدوم سایت در حال بالا کشیدن سرویس mysql هست .
اگر مطمئن هستید کانفیگ سرور شما صحیح هست. و سرور هم قوی هست . احتمالا بر روی سرور اتک دارید چیزی جز این نیست.