برای ارتقا MySQL در دایرکت ادمین بصورت زیر عمل کنید.
۱- با دستور cd /usr/local/directadmin/custombuild وارد مسیر usr/local/directadmin/custombuild شوید.
۲- با دستور nano options.conf فایل پیکربندی را ویرایش کنید.
۳- در مقابل عبارت Possible values در بخش mysql ورژن های موجود ذکر شده است.
۴- ورژن مورد نظر خود را در مقابل mysql= وارد کرده و توجه داشته باشید که دو مقدارهای mysql_inst و mysql_backup برابر با yes باشد.
۵- با کلید ترکیبی ctrl+x و در انتها y تغییرات انجام شده را ذخیره کنید.
۶- دستور ./build mysql را برای شروع ارتقا وارد کنید.

منبع : http://iwhmcs.ir/%D8%A7%D8%B1%D8%AA%D9%82%D8%A7-mysql