برای این کار چند روش هست.
1- استفاده از htaccess و مود ریرایت. خودم کار نکردم و توصیه نمیکنم.
2- استفاده از مودهای آپاچی مثل ریت لیمیت و مود سی بند و ... که تعدادشون زیاد هست.
مثلا ریت لیمیت درون آپاچی 2.4 تعبیه شده و از راهنمای زیر استفاده کنید.
http://www.devside.net/wamp-server/d...for-apache-2-4
باید تنظیمات رو تو فایل httpd.conf اضافه کنید و بعد httpd ریستارت بشه.
3- قرار دادن کد محدودیت سرعت در فایل php که کمی پیچیده هست و باعث میشه قابلیت دانلود مستقیم از بین بره.