سلام

میتونید فایل های جدید اسکریپت رو بندازید رو فایل منجر و فایل اینیستال رو اجرا کنید و اپگرید کنید. یا اگر سیستم به صورت جداگانه نصب شده است از دیتابیس یک بک آپ بگیرید و ایمپورت بکنید به اسکریپت جدید که فکر میکنم در این صورت به مشکل بخورید.. پس مراحل زیر رو به ترتیب برید بهتر است:
اول برید به php my admin و تیبل های مورد نظر رو به صورت مجزا export بگیرید و در اسکوئل جدید به تیبل مورد نظر ایمپورت کنید .. این طوری مطمئن تر است.

موفق باشید