باسلام
دستورات زیر را بزنید اگر حل نشد درصورت تمایل دسترسی سرور را تیکت بفرمایید (بعد از ثبت نام)‌ تا مشکل بررسی گردد

cd /usr/local/directadmin/custombuild
./build rewrite_confs

درضمن :‌اگر برای نصب انجینکس از پلاگین استفاده کردید (برخی از همکاران میفروشند ) به جایی که تهیه کردید اطلاع بدهید تا بررسی کنند.البته فکر کنم که با خود دایرکت ادمین نصب کردید.