mysql باید توسط یوزر خودش (mysql) اجرا شود. شما احتمالا پرمیشنش رو گذاشتید روی root
اول چک کنید ببینید دایرکتوری های mysql توسط یوزر mysql مالکش باشه.
بعد اونو استارت کنید
/etc/init.d/mysql start
همچنین چک کنید ببینید پرت 3306 رو برنامه دیگه ای بهش دسترسی نداشته باشه.
netstat -an | grep 3306