برای اینکه سابدامین روی هاست ویندوز تنظیم بشه اولاً باید در هاست ویندوز سابدامین ساخته بشه و دوم باید در هاست لینوکس از طریق DNS Zone سابدامین مورد نظر رو روی آی پی هاست ویندوز قرار دهید و همین کار رو هم برای دامنه اصلی در هاست ویندوز انجام بدید. یعنی دامنه اصلی که هاست لینوکسی داره باید در هر دو هاست به آی پی هاست لینوکس اشاره کند و سابدامین ویندوزی به آیپی هاست ویندوز.

پی اچ پی سیستم های فروشگاهی بی نظیری داره که فکر نکنم هیچ اسکریپت اختصاصی ویندوزی حتی توان رقابت با اونا رو داشته باشه مثل Magento، PrestaShop و... اما اگر حتما تصمیمتون بر این هست که سیستم فروشگاهی اختصاصی خودتون رو با زبان .net ASP داشته باشید راه حل بالا کارآمده.

امیدوارم که خوب توضیح داده باشم.

موفق باشید...