سلام
php.ini خوب هست خودتون هم تاپیک اول نوشتین اما بهترین روش این هست که شما اگر هزینه بیشتر میتونین پرداخت کنین سرور مجزا برای فایل تهیه کنین
یا اینکه اسکریپت خودتون تو سورس که نوشتین اصل فایل روی سرور قرار نگیره بلکه میرور بگیرین از همون فایل مثلا با کتابخانه GD برای عکس میشه این کار رو انجام داد
روش های دیگه ای هم وجود داره اما روشی که خودم یا همکارام استفاده میکنیم اینطوری هست تا حالا مشکلی ندیدیم تو کدهای جدیدمون