سلام و عرض ادب.
اختلاف ساختاری خاصی ندارند. در واقع kali 1 = backtrack 6. صرفا نام رو عوض کردند. البته طبق فرمایش جناب مسافر بیسسیستمعامل هم تغییر کرده و علاوه بر این موارد، یک سری تغییرات جزئی هم داشته.
مثلا در بکترک۵ یک فولدر به نام /pentest وجود داشت که در کالی وجود نداره.
یک سری نرمافزار نه چندان مهم جایگزین شدند که خوب برای شما به اون صورت مهم نخواهد بود! مثلا Gedit با leafpad و pdf viewer با document viewer جایگزین شده اند.
نرمافزارهای رسانهای بیشتر و بهتری در کالی به صورت پیشفرض نصب هست.
شما انتخابهای بیشتری در رابطه با desktop environment میتونید داشته باشید. بکترک فقط بامیزکارهای KDE و GNOME سازگار بود، اما کالی با GNOME 3,Cinnamon و چند مورد دیگه سازگاره.
اگه از لپتاپ استفاده میکنید، در بکترک امکان تنظیم نور پسزمینه وجود نداره، اما در کالی وجود داره.
بکترک پشتیبانی خوبی از ماژولهای بلوتوث انجام نمیداد، که کالی تو این زمینه بهتر عمل کرده.
در کل، کالی سختافزارهای بیشتری رو ساپورت میکنه و جدیدا معماری ARM رو هم به لیست سختافزارهای مورد پشتیبانی اضافه کرده. سازگاری بهتری هم با لپتاپ داره.
موفق باشید.