سلام
شما باید توی برنامه ات از تابع jQuery.noConflict() استفاده کنید و بجای استفاده از $ ، از یک متغیر استفاده کنید.
اگر هم با cms هایی مثل وردپرس و جوملا کار میکنید، پلاگین هایی برای رفع تداخل جی کوئری موجود هست که ممکنه جواب بده