برای محدود کردن عملکرد شل ها باید safe mode رو در حالت on قرار بدید !
فانکشن های خطرناک رو در php.ini به حالت disabled در بیارید ! (disable_functions)
از suphp استفاده کنید ! ( owner و permission فایل رو کنترل میکنه و شل رو در صورت وجود بسیار محدود میکنه )
آنتی ویروس clam av در پیدا کردن فایل های خطرناک بهتون کمک میکنه !