نه میشه کل فایل هارم زیپ کرد - از روت هم باشه خوب بعد از ان زیپ کردن تو سرور دوم میشه جایگزین کرد فایل هارو دیگه به نظرم نباید مشکلی باشه.
اما یه همچین جرکتی هم میشه رد:
for filename in *; do
scp $filename <username>@<hostname>:path