در ادامه توضیحات دوستان:
1- در چنین مواقعی دسترسی فایل رو به 640 یا 600 تغییر بدید تا فایل از دسترس هکر خارج بشه و اگر دوباره امکان آپلود همون فایل برای هکر هست برای آپلودش مشکل پیش بیاد.
2- به تاریخ آخرین ادیت فایل ها دقت کنید و فایل هایی که با دیگر فایل ها تاریخ ادیت یکسانی ندارند بررسی کنید و در صورت امکان جایگزین کنید.
دیگر موارد امنیتی رو به مدیر سرور بسپارید.