[client]
port = 3306

[mysqld]
port = 3306
احتمالا ناقص میزدین و برای کلاینت تعریف نمیکردین
از بالایی استفاده کنین و توی my.cnf زیر دوتا تگ مشخص شده بزنین.
موفق باشین