سلام.
شما که اول کار هستید توصیه میکنم دنبال ایمن سازی بدون محدودیت بروید !
محدودیت مانند بستن فانکشن قابل دور زدن هست اما ایمن سازی بدون محدودیت خیر.
و اما پاسخ سوالتان ، اگر هندلر suphp نیست مثلا fastcgi باشه کسی نمیتونه php.ini اختصاصی استفاده کنه.
اما اگر هندلر suphp هست و میخواید کسی نتونه php.ini اختصاصی استفاده کنه باید هنگام build با easyapache تیک گزینه ی Safe PHP را بزنید.
موفق باشید./